Erbaut wurde die Höhenburg im 14. Jahrhundert vom Kurfürsten Balduin von Luxemburg als Trutzburg gegen die Grafen von Sponheim, welche auf der Burg Kastellaun residierten. Beim Bau scheint Balduin insbesondere vom französischen Donjon-Typ inspiriert worden zu sein.
Die Burg wurde nie zerstört ist aber allerdings ab dem 18. Jahrhundert zu einer Ruine verfallen.
Im Jahr 2009 begann die umfassende Sanierung - diese war 2014 entgültig abgeschlossen und somit das Gelände wieder frei zugänglich. Noch heute sind die 18 Meter hohen, viergeschossigen Mauern des Wohnturm gut erhalten.
Heute ist die Burg Balduinseck für viele Wanderer auf der Etappe 20 des Saar-Hunsrück-Steigs (Mörsdorf-Kastellaun) und der Traumschleife Masdascher Burgherrenweg (Deutschlands schönster Wanderweg 2018) ein besonderes Highlight.